La población de Novo Airao tuvo su origen con un asentamiento de jesuitas, fundada en la hoz del Río Jaú, en 1668. La región era habitada por los Uaimirí, Atroarí, Crichanán, Carabinari y Jauaperí. Todo indica que la misión o aldea de Santo Elías de Jaú (como era conocida) fue el segundo o tercer núcleo de población organizado por los portugueses en tierras amazonenses. En 1759, la aldea fue elevada a la categoría de Lugar, con la denominación de Airao, por Joaquim de Melo Póvoas, primer Gobernador de la Capitanía de San José del Río Negro. Más tarde, el distrito de Airao pasó a formar parte de Manaus y cuando fue separado, en 1938, se transformó en Novo Airao. Dentro del municipio se encuentra la Estación Ecológica de Anavilhanas, uno de los mayores archipiélagos del mundo, con cerca de 400 islas, centenas de lagos, ríos y cochas (todas ricas en especies de vegetales y animales). El lugar es un verdadero paraíso para los biólogos y ecologistas, en el municipio se encuentra el Parque Nacional de Anavilhanas. El municipio se destaca por la concentración de bufeos tucuxis (enanos) y manatíes. Para verlos basta ir al Parque Nacional de Jaú, el mayor parque de Brasil y el segundo de América del Sur.
